Willy Fog wordt opnieuw uitgedaagd door Sullivan en gaat samen met zijn vrienden op zoek naar een geheim pad naar het middelpunt van de aarde, waarbij hij krachtige stromen en vreemde dieren ontwijkt.
Seita en Setsuko zijn broer en zus tijdens de Tweede Wereldoorlog in Japan. Nadat hun vader is gestorven tijdens een overzees gevecht en hun moeder is gedood door een luchtaanval, moeten ze naar andere familieleden toe om gesteund te worden. Als die steun op een gegeven moment ook bij hen weggenomen wordt zijn ze alleen nog afhankelijk van elkaar om te zorgen voor onderdak en eten.