De eerste speciaal gemonteerde herdenkingsaflevering met het verhaal van Jean. Dit is een adembenemende actie-animatie op zeeavontuur. Het verhaal draait om een reeks cruciale veldslagen van de onverwoestbare onderzeeër Nautilus en het conflict tussen kapitein Nemo en de Gargoyle. Het is een kortere, meer gestroomlijnde versie van Nadia genaamd ‘The Nautilus Story’, die de vulboog vrijwel elimineert en zich concentreert op de strijd tussen Nemo en Gargoyle. Sommige scènes in de meer cruciale afleveringen worden ook verwijderd. De compilatieserie is gemaakt door Hideaki Anno, die naar verluidt ontevreden was over het eindresultaat van het tv-programma. The Nautilus Story werd alleen in Japan uitgebracht op VHS en laserdisc.
Nee, helaas is ふしぎの海のナディア ノーチラス・ストーリー nog niet beschikbaar op Netflix in Nederland.
| Sound | 鷺巣詩郎 | Music |
| Directing | 庵野秀明 | Director |
| Visual Effects | 貞本義行 | Character Designer |
| Visual Effects | 窪岡俊之 | Animation Director |
| Art | Masahiro Maeda | Settings |
| Art | 佐々木宏 | Art Direction |
| Directing | 樋口真嗣 | Director |
| Art | 菊地正典 | Art Direction |
| Writing | Jules Verne | Original Concept |
| Writing | Jules Verne | Novel |
| Writing | 庵野秀明 | Story |
| Writing | 宮崎駿 | Story |
| Writing | 宮崎駿 | Screenplay |
| Directing | 摩砂雪 | Director |
| Directing | 増尾昭一 | Director |
| Directing | 神谷純 | Director |
| Directing | もりたけし | Director |
| Directing | Hiroyuki Sasaki | Director |
| Directing | 舛成孝二 | Director |
| Visual Effects | 松原秀典 | Animation Director |
| Editing | 尾形治敏 | Editor |
| Visual Effects | 貞本義行 | Animation Director |
| Visual Effects | 武内啓 | Animation Director |
| Directing | Yukio Suzuki | Director |
| Visual Effects | 釘宮洋 | Animation Director |
| Directing | 米たにヨシトモ | Director |
| Visual Effects | 川名久美子 | Animation Director |
| Editing | Masashi Furukawa | Editor |
| Visual Effects | Tsukasa Abe | Animation Director |
| Visual Effects | 鈴木俊二 | Animation Director |
| Writing | 大川久男 | Screenplay |
| Editing | はしもとなおと | Editor |
| Writing | はしもとなおと | Writer |
