De derde en laatste speciaal bewerkte herdenkingsaflevering met het verhaal van Jean. Dit is een adembenemende actie-animatie op zeeavontuur. Het verhaal draait om een reeks cruciale veldslagen van de onverwoestbare onderzeeër Nautilus en het conflict tussen kapitein Nemo en de Gargoyle. Het is een kortere, meer gestroomlijnde versie van Nadia genaamd ‘The Nautilus Story’, die de vulboog vrijwel elimineert en zich concentreert op de strijd tussen Nemo en Gargoyle. Sommige scènes in de meer cruciale afleveringen worden ook verwijderd. De compilatieserie is gemaakt door Hideaki Anno, die naar verluidt ontevreden was over het eindresultaat van het tv-programma. The Nautilus Story werd alleen in Japan uitgebracht op VHS en laserdisc.
Nee, helaas is ふしぎの海のナディア ノーチラス・ストーリー nog niet beschikbaar op Netflix in Nederland.
| Directing | 庵野秀明 | Director |
| Sound | 鷺巣詩郎 | Music |
| Visual Effects | 窪岡俊之 | Animation Director |
| Visual Effects | 貞本義行 | Character Designer |
| Writing | Jules Verne | Original Concept |
| Directing | 樋口真嗣 | Director |
| Art | Masahiro Maeda | Settings |
| Art | 菊地正典 | Art Direction |
| Art | 佐々木宏 | Art Direction |
| Writing | Jules Verne | Novel |
| Writing | 庵野秀明 | Story |
| Writing | 宮崎駿 | Story |
| Writing | 宮崎駿 | Screenplay |
| Editing | 薩川昭夫 | Editor |
| Directing | Hiromitsu Hoshino | Director |
| Directing | Renji Kawabata | Director |
| Directing | 前田真宏 | Director |
| Directing | 牧野滋人 | Director |
| Directing | 摩砂雪 | Director |
| Directing | もりたけし | Director |
| Directing | Tadayuki Uda | Director |
| Visual Effects | 庵野秀明 | Animation Director |
| Visual Effects | Baek Nam Yeol | Animation Director |
| Visual Effects | 本田雄 | Animation Director |
| Visual Effects | 川名久美子 | Animation Director |
| Visual Effects | 김세창 | Animation Director |
| Visual Effects | Noboru Koizumi | Animation Director |
| Visual Effects | 増尾昭一 | Animation Director |
| Visual Effects | Kazuto Nakazawa | Animation Director |
| Visual Effects | 野口寛明 | Animation Director |
| Visual Effects | 貞本義行 | Animation Director |
| Visual Effects | 鈴木俊二 | Animation Director |
| Visual Effects | Koichi Takada | Animation Director |
| Visual Effects | 鶴巻和哉 | Animation Director |
| Writing | 大川久男 | Screenplay |
| Writing | 田波靖男 | Screenplay |
| Editing | はしもとなおと | Editor |
| Writing | はしもとなおと | Writer |