Tijdens een autorace verliest Joe Shimamura de controle over het stuur en verongelukt hierbij dodelijk. Zijn lichaam wordt direct gestolen door de sinistere organisatie Black Ghost, die al zijn organen vervangt door mechanische componenten. Joe’s botten, spieren en huid worden vervolgens verstevigd met artificiële materialen. Wanneer Joe ontwaakt blijkt hij superkrachten te hebben, nooit moe te worden en onder water te kunnen ademen. Joe is de negende cyborg die de organisatie gecreëerd heeft en hij wordt daarom Cyborg 009 genoemd. Net wanneer de organisatie Joe wil inlijven, gaan de eerste acht cyborgs in opstand tegen hun makers en vluchten zij samen met Joe naar een geheim eiland. Black Ghost zet vervolgens alles in om de cyborgs weer terug te krijgen.
Nee, helaas is サイボーグ００９ nog niet beschikbaar op Netflix in Nederland.
| Sound | 小杉太一郎 | Original Music Composer |
| Visual Effects | 木村圭市郎 | Animation Director |
| Writing | 石ノ森章太郎 | Writer |
| Production | 大川博 | Executive Producer |
| Directing | 芹川有吾 | Director |
