Private's grote hart overwint zijn instinct om te vluchten terwijl hij een gestrande jonge zeeluipaard helpt om van New York terug te keren naar haar huis op Antarctica. De rest van het team (plus verstekeling koning Julien) volgt in hun onderzeeër om er zeker van te zijn dat de jonge zeehond en de soldaat het heelhuids redden. Het probleem is dat ze voor zichzelf hadden moeten zorgen: ze komen terecht op het menu van het zeeluipaarddorp! Afleveringen zijn onder meer: Operatie: Antarctica, The Falcon And The Snowjob, The Big Squeeze, Driven To The Brink, Snakehead, Concrete Jungle Survival en Work Order.
Nee, helaas is The Penguins of Madagascar: Operation Antarctica nog niet beschikbaar op Netflix in Nederland.
| Writing | Brandon Sawyer | Writer |
| Directing | Nick Filippi | Director |
| Directing | Bret Haaland | Director |
| Sound | Adam Berry | Original Music Composer |
