Het jaar is 2017, 3 jaar sinds Tomodachi met zijn partij de FDP de macht greep. Er brak een virus uit in Tokio en de regering bouwt een muur om de stad in quarantaine te leggen. Tomodachi voorspelt dat op 12 augustus om 12:00 uur het menselijke ras zal worden vernietigd door buitenaardse krachten en dat de enige die het zullen overleven de aanhangers van de FDP zijn. Het verzet zet zijn strijd tegen de FDP voort, Otcho komt er achter dat Kanna zich gesplitst heeft van de groep van Yoshitsune. Kanna is van plan een radicalere groep binnen het verzet op te zetten die zich zwaar bewapend. Ondertussen treedt Kenji Tokio binnen.
Nee, helaas is 20世紀少年 －最終章－ ぼくらの旗 nog niet beschikbaar op Netflix in Nederland.
| Directing | 堤幸彦 | Director |
| Writing | 福田靖 | Screenplay |
| Production | 甘木モリオ | Producer |
| Production | 市山竜次 | Producer |
| Production | 飯沼伸之 | Producer |
| Production | 大平太 | Producer |
| Camera | 唐沢悟 | Director of Photography |
| Editing | 伊藤伸行 | Editor |
| Art | 相馬直樹 | Art Direction |
| Writing | 浦沢直樹 | Comic Book |
| Crew | 奥平綾子 | Script |
| Visual Effects | 野崎宏二 | VFX Supervisor |
| Directing | 白石達也 | Assistant Director |
| Lighting | 木村明生 | Gaffer |
| Production | 吉崎秀一 | Production Manager |
| Production | 才士真司 | Casting |
| Production | 井上潔 | Line Producer |
| Sound | 鴇田満男 | Sound Recordist |
| Art | 相馬直樹 | Production Design |
| Crew | 諸鍛冶裕太 | Stunt Coordinator |
| Sound | 白井良明 | Original Music Composer |
| Sound | 長谷部徹 | Original Music Composer |
| Sound | Audio Highs | Original Music Composer |
| Sound | 白井良明 | Music Director |
| Production | 奥田誠治 | Executive Producer |
